第三方物流的目标是准确、安全并以低成本运输物流。但是物流运输的快速性、准确性、安全性和价格之间，一般有互相制约的关系。若重视其快速、安全、准确，物流价格必然是比较高的；反之就要减低价格就会减少速度、安全、准时等物流服务。第三方物流公司在为客户设计最佳运输方案时，首先要考虑建设整体的物流运输网络。运输网络又运输线和停顿点组成。运输线是连接停顿点之间的运输组织，停顿点表示工厂、仓库、物流配送中心等因此，在物流系统中，选择运输工具，设置物流据点，从物流据点发货的物流计划等是重要的第三方物流运输方案参考资料。

1、选择运输工具。对于不同货物的形状、价格、运输批量、交货日期、到达地点等货物特性，都有与之相对应的适当的运输工具。一般运输速度快的交通工具价格高。运输工具的价格和快速、安全、准时、便利性之间有相互制约的关系。所以早运输货物时，必须考虑对运输工具所具有的特性进行综合评价，选择有最大值的运输工具为宜。可供选择的运输工具有：火车、汽车、船舶、飞机等。

2、制定运输计划。有两家以上的工厂生产同一种产品向全国需要地区供应，如果出现交叉运输，就不是高效率的运输。通常从若干物流出发点向若干需求地运输同一产品时，存在价格最少或者时间和距离最短的运输计划。这种运输计划一般称为运输型问题，可用线性规划法开解决。

3、人员、车辆配置。车辆配置台数要根据发货量的多少安排。车辆过少，发货过多时，会出现车辆不足，从别处租车的情况。相反车辆多发货少时，会出现车辆闲置现象，造成浪费。合理配置车辆台数是物流公司的重要课题。公司职员及临时工的配置也是同车辆配置相类似的。